综合保税区的评估分为5大类27项量化指标，以及8项辅助指标。全国综合保税区的评估结果和排位按照东部地区、中西部地区分类实施。

l 绩效评估结果排位在前20%的，为A类综合保税区，可优先试点创新举措，并对所在省区市申请新设综合保税区予以适当倾斜。

l 绩效评估结果排位在前20%至后10%之间的，为B类综合保税区。

l 绩效评估结果排位在后10%的，为C类综合保税区。对全国和分地区排位皆为C类的综合保税区进行通报或约谈，对设立5年及以上且连续两年在全国和分地区排位为C类且全国排名为后5位的综合保税区，依规启动综合保税区退出程序